钻孔是根据沙盘模型设计制作的需要，在沙盘模型材料上开设孔洞的加工工艺。孔洞的形态主要有圆形、方形和多边形三种，钻出的孔洞可以用作穿插杆件或构造连接，也可以用作外部门窗装饰。
圆孔与方孔的开设频率很高，几乎所有沙盘模型都需要开设。孔洞按规格又分为微、小、中、大四类。直径或边长为1~2mm的成为微孔，3~5mm的称小孔，6~20mm称中孔，21mm以上称为大孔。微孔的开始比较简单，直接使用尖锐的针锥对沙盘木材形成做钻凿，1~2mm的孔洞可以直接凿穿，以满足其他形体构造能顺利通过或固定。3~5mm的小孔则先锥扎周边，后打通中央，完成后必须采用磨砂棒打磨孔洞内径。
中孔的开启就比较灵活了，可以借用日常生活用品来辅助，如金属钢笔帽、瓶盖、不锈钢管、装订用打孔机等，锐利的金属模具都能直接用于沙盘模型型材加工，如果规格不符，可以作多次拼接加工。打孔开设比较容易，先使用尖锐的刀具将孔洞中央刺穿，然后向周边缓缓扩展，使用小剪刀将边缘修剪整齐，最后采用磨砂棒或砂纸将孔洞内壁打磨平整。
使用钻孔机能大幅提高模型制作的工作效率，但是不能完全依赖于它，机械钻孔机一般仅适用于硬质型材，而不适用柔软、单薄的透明胶片或彩色即时贴。柔软、单薄的沙盘模型型材用钻孔机反而容易产生皱褶和破损，可以尝试使用装订用的打孔机来加工，但是孔径尺度比较局限。